A intenção sobre o tema da tese de doutoramento é manifestada pelo candidato com a  apresentação, perante um júri, de uma proposta de investigação. Sendo aceite no programa, será nomeado um professor orientador que acompanhará o candidato na elaboração aprofundada do projecto de tese, a realizar ao longo do 1º ano do programa, a qual será apresentada e discutida no Seminário de Investigação.

No final do 1º ano do programa a versão consolidada do projecto de tese será apreciada por um júri nomeado pelo Director do Programa, que emitirá parecer, podendo sugerir alterações, ou recomendar o abandono do Programa.  Com a aceitação do projecto de tese, será feito o respectivo registo e confirmado o professor orientador.

O processo de elaboração da tese terá a duração de dois anos lectivos, de acordo com o Regulamento de Doutoramentos do ISEG.